Historia Zakładu rozpoczyna się w 1953r. kiedy na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi UJ, staraniem prof. Teodora Marchlewskiego, ówczesnego Rektora UJ została utworzona Katedra Ewolucjonizmu z Zakładem o tej samej nazwie. Kierownictwo katedry objął prof. Marchlewski. W cztery lata później w 1958r. Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego przejęło z Instytutu Zootechniki, Dział Biologii Hodowlanej, który po reorganizacji włączono do Katedry Ewolucjonizmu jako Zakład Genetyki Zwierząt UJ. Po przedwczesnej śmierci prof. Marchlewskiego, Minister Szkolnictwa Wyższego powołał na stanowisko kierownika Katedry Halinę Krzanowską, wychowankę i docenta UJ. W roku 1970 zarządzeniem Ministra Oświaty i Szkolnictwa Wyższego w miejsce Katedry utworzono w Instytucie Zoologii UJ Zakład Genetyki i Ewolucjonizmu.
Profesor Halina Krzanowska, jeden z najwybitniejszych genetyków polskich, kierowała Zakładem Genetyki i Ewolucjonizmu nieprzerwanie przez 32 lata tj do roku 1996. Po jej przejściu na emeryturę kierownictwo Zakładu objęła jej uczennica i wychowanka prof. dr hab. Józefa Styrna.
Wraz z objęciem przez profesor Halinę Krzanowską kierownictwa Zakładu tematyka badawcza skoncentrowała się wokół zagadnień genetycznej kontroli jakości gamet u myszy. Podstawą do tego typu badań było wyprowadzenie przez profesor Krzanowską szczepów wsobnych myszy laboratoryjnych charakteryzujących się znacznym obniżeniem płodności. Ta linia badawcza kontynuowana jest w Zakładzie do chwili obecnej.
Obecnie Zakład rozwija trzy podstawowe kierunki badań:
- Genetyczna kontrola jakości gamet, a szczególnie rola chromosomu Y w spermatogenezie i płodności samców myszy
- Analiza zwierzęcych modeli chorób metabolicznych u człowieka
- Kontrola cyklu komórkowego oraz epigenetyczne modyfikacje chromatyny w oocytach myszy
W świetle pogarszających się wskaźników płodności u ludzi badania podstawowe nad genetyczną kontrolą czynników płodności ssaków są zadaniem szczególnie ważnym i aktualnym.